Das Unternehmen BAUEN Glasapparatebau AG wurde zu Beginn der 1960er Jahre als Personengesellschaft gegründet. In den ersten beiden Jahrzehnten seines Bestehens entwickelte und produzierte es insbesondere Glasapparaturen und diverse Glaskomponenten für den Laborbedarf sowie für die Gas-Chromatografie. Abnehmer dieser Apparate waren die vorwiegend in Basel ansässigen multinationalen Pharma- und Chemiekonzerne wie z.B. Hoffmann-La Roche, Sandoz und Ciba-Geigy (heute Novartis).

Seit Mitte der 1980er Jahre erfolgte eine zunehmende Spezialisierung und Fokussierung auf Präzisionsglaskomponenten. Diese Neuausrichtung führte zu einer Ausweitung des bestehenden Kundenstammes und markierte gleichzeitig auch den Beginn einer erfolgreichen Zusammenarbeit mit weltweit führenden Unternehmen der Präzisionsinstrumententechnik wie unter anderem Mettler-Toledo, Metrohm und Bachem.

Im Jahr 2001 wurde die Gesellschaft in eine Aktiengesellschaft umgewandelt, und es entstand die BAUEN Glasapparatebau AG unter der Leitung von Michael Bauen.
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